屯玉种业质控中心是公司内部种子质量检测机构，现拥有检验室面积900㎡，其中山西屯留质控中心600㎡（山西省屯留县屯玉路129号），甘肃武威质控分中心50㎡（甘肃省武威市凉州区武南经济开发区），甘肃临泽质控分中心200㎡（甘肃省临泽县沙河街523号），宁夏银川质控分中心50㎡（宁夏自治区银川市西夏区农牧场二队）。

公司拥有净度分析台、电子天平、智能人工气候发芽室、电泳仪、电泳槽、生物显微镜、PCR扩增仪、酸度计、高压灭菌锅、磁力搅拌机、恒温水浴锅、高速冷冻离心机、移液器等仪器设备150台(套)。